Doba vzniku Českého středohoří poznamenaná mohutnou sopečnou a sedimentační činností je zároveň obdobím, ze kterého máme velké množství rostlinných a živočišných dokladů, zejména z druhohorního a třetihorního období. Nálezy starších druhů fosilií pochází z oblastí těžby a odkryvů jílovitých vápenců. Odtud pochází prastaré otisky ramenonožců a schránky ježovek. V třetihorách dosáhly velkého rozmachu řasy rozsivky. Zpevněné horniny, vzniklé z jejich křemičitých schránek, jsou diatomity, které často ukrývají zachovalé zbytky třetihorních rostlin. V diatomitech byly rovněž nalezeny otisky předchůdců dnešních žab a raků neboli desetinožců. Bohužel, většina nalezišť zkamenělin je dnes již vyčerpána.
