CHKO je rozčleněna do čtyř zón ochrany přírody, které stanovují základní podmínky, co a za jakých podmínek je možné na daném místě dělat.

mapová aplikace se zonací CHKO včetně hledání dle parcelních čísel

I. zóna 

Do první zóny byla zařazena všechna vyhlášená maloplošná zvláště chráněná území a další plochy přírodně nejhodnotnějších částí Pavlovských vrchů s typickými lesními, lesostepními, stepními a skalními biotopy. K nim jsou přiřazeny i vybrané lesní a lesostepní biotopy Milovického lesa, lužní bitopy NPR Křivé jezero, nejbližší okolí Nového rybníka a slaniska u Nesytu.

II. zóna

Do druhé zóny byla zařazena území většího rozsahu s významnými přírodními hodnotami, která nejsou chráněna formou MZCHÚ. Tvoří převážně ochranné pásmo kolem I. zóny. Jde především o komplex lesů pahorkatiny Milovického lesa, pozemkovou mozaiku úpatí Pavlovských vrchů, plochy rybníků a vodotečí s výraznými břehovými porosty.

III. zóna

Sem byly zařazeny plochy zemědělsky obdělávaných pozemků, často přerušovaných liniovými prvky jako jsou větrolamy, meze nebo remízky. Tato území mají menší přírodní hodnotu, ale jsou významná pro doplnění celého systému významných biotopů v chráněné krajinné oblasti

IV. zóna 

Tato zóna je tvořena souborem historicky pozměněných a člověkem využívaných ploch a sídel. Byla sem zařazena současně zastavěná území jednotlivých sídel a též zastavitelná území tak, jak jsou vymezena podle platných územních plánů.