Na území CHKO Pálava je v současné době celkem 16 maloplošných zvláště chráněných území, která zaujímají přes 10 % území chráněné krajinné oblasti. Naprostá většina plochy v MZCHÚ je součástí první zóny odstupňované ochrany přírody.

PP Anenský vrch

Ostrov uprostřed zemědělsky obdělávané krajiny – útočiště ohrožených druhů ptactva (ťuhýk obecný, pěnice vlašská) i rostlin, kterých tu vědci napočítali na 130 druhů.
více informací

NPR Děvín 

Největší rezervace, nejvyšší bod, srdce Pálavy. Na zdejších skalách, stepích i v lesích rostou a žijí druhy, které si s Pálavou spojujete: kosatce, hlaváčky, křivolaké duby, bizarní kudlanky, otakárci – a spousta dalších. Děvín patří k místům s vůbec největší biodiverzitou v Česku.
více informací

NPP Kalendář věků 

Záznamník času, který vás ve vrstvičkách uložené půdy provede vývojem zdejší přírody za posledních sto tisíc let.
více informací

PP Kienberg 

Protáhlý kopec se stepními lady a křovinami, s písčitou stěnou ukrývající nepřeberné množství paleontologických nálezů od mořských plžů přes dírkonoše po žraločí zuby. 
více informací

PP Kočičí kámen

Nenápadný vápencový výchoz mezi vinohrady. 
více informací

PP Kočičí skála 

Malá Pálava – tak se přezdívá nenápadné vápencové skalce mezi poli a vinohrady. 
více informací

NPR Křivé jezero 

Zbytky lužních lesů a luk, které nebyly zatopeny novomlýnskými nádržemi. Útočiště rostlin a živočichů, závislých na pravidelných záplavách, hnízdívá zde orel mořský. 
více informací

PR Liščí vrch 

Sprašový kopec, který v létě zbarví do světle modré len chlupatý – vzácná rostlina, pro kterou je tato rezervace jednou z nejdůležitějších lokalit v Česku.
více informací

PP Lom Janičův vrch 

Na místě dřívějšího Janičova vrchu, odtěženého v minulém století, se dnes rozkládá jezero. Ve stěnách bývalého lomu hnízdí mimo jiné výr velký.
více informací

PR Milovická stráň 

Teplomilné doubravy a stepi okolo kopce Špičák, pozůstatky dřívějších otevřených pařezinových lesů. I s okolním lesem nejvýznamnější hnízdiště pestrobarevného dudka chocholatého v ČR.
více informací

PP Na cvičišti 

Mozaika holé půdy, zákopů, rozptýlených křovin, která vznikla díky obrněným vozidlům a další vojenské činnosti. Útočiště druhů, které z okolní krajiny dávno vymizely. 
více informací

PP Růžový kopec 

Kopec s dávno opuštěnými terasami, obklopený poli a vinicemi. Žijí zde ptáci vázaní na řídké křoviny, samotářské včely a na nich parazitující majky, roste tu vzácná růže bedrníkolistá – na rozdíl od běžného „šípku“ mají její plody černou barvu.
více informací

NPR Slanisko u Nesytu 

Největší a nejvýznamnější slanisko v Česku. Na slané půdě rostou jedinečné rostliny, jako je solenka Valerandova, kuřinka solná nebo jitrocel přímořský – druhy, za nimiž byste jinak museli k moři.
více informací

PR Svatý kopeček 

Nepřehlédnutelná dominanta Mikulova, na jejíž vrchol – korunovaný kostelem a zvonicí – vede nejstarší křížová cesta u nás. Na skalních stepích žijí hned dva druhy pavouků stepníků – stepník rudý a pálavský. Stepník pálavský byl jako nový druh popsán teprve v roce 2015. 
více informací

PR Šibeničník 

Poslední, nejjižnější výběžek vápenců Pavlovských vrchů na našem území. Na jediném místě na Moravě tady roste tráva ovsíř stepní. Ochranné pásmo okolo rezervace – udržované jako úhor – je důležitým útočištěm vzácných polních plevelů.
více informací

NPR Tabulová 

Plochý vrchol Stolové hory a navazující skála Růžového vrchu se zříceninou Sirotčího hrádku. Mozaika lesů a různých typů stepí, kde žije až půlmetrová hlubinná žížala a roste až metrová šalvěj etiopská, která je u nás původní nejspíše jenom zde. 
více informací

PR Turold 

Vápencový kopec Turold zmenšila těžba vápence asi o třetinu, za oběť jí padla velká část zdejšího jeskynního systému. Dnes tady můžete navštívit jeskyni, jež je důležitým zimovištěm netopýrů. 
více informací

Další MZCHÚ

Kromě MZCHÚ ležících přímo v CHKO Pálava máme na starosti také několik dalších národních přírodních památek a rezervací v blízkém okolí: NPR Cahnov-Soutok, NPP Dunajovické kopce, NPR Lednické rybníky, NPP Pastvisko u Lednice, NPR Ranšpurk a NPP Rendez-vous.